在顯微鏡下，由于某些物質(zhì)的光學特性，普通正置顯微鏡不能看清楚其內(nèi)部結(jié)構(gòu)，而其擁有另外一種特性，比如細胞中有些物質(zhì)，如葉綠素等，受紫外線照射后可發(fā)熒光；另有一些物質(zhì)本身雖不能發(fā)熒光，但如果用熒光染料或熒光抗體染色后，經(jīng)紫外線照射亦可發(fā)熒光，利用這種物質(zhì)的光學特性，研發(fā)出了專業(yè)的顯微顯示設備，即熒光顯微鏡。熒光顯微鏡就是對這類物質(zhì)進行定性和定量研究的工具。熒光顯微鏡的準確定義是指選擇由高壓汞燈或類似光源發(fā)出的一定波長的激發(fā)光，激發(fā)細胞中某些被熒光染料標記的物質(zhì)發(fā)射熒光，觀察細胞某種特異成分的分布狀態(tài)的顯微鏡。也可進行半定量測定。熒光顯微鏡就是對這類物質(zhì)進行定性和定量研究的工具之一。
　　顯微鏡照明光路系統(tǒng)的調(diào)整是為了使顯微鏡的視野能受到均勻而又充分的照明，在顯微鏡初次安裝和調(diào)試時，就必須把照明光路系統(tǒng)調(diào)整好，這是正確使用顯微鏡，并獲得正確、可靠結(jié)果的重要手段和zui基本的要求。此外，正確掌握照明光路系統(tǒng)的調(diào)整，是使用顯微鏡過程中更換光源燈泡后所必經(jīng)的步驟，也是在日常使用過程中不時地檢驗顯微鏡性能的必要手段。熒光顯微鏡和普通顯微鏡有以下的區(qū)別：
　　1.照明方式通常為落射式，即光源通過物鏡投射于樣品上；
　　2.光源為紫外光，波長較短，分辨力高于普通顯微鏡；
　　3.有兩個特殊的濾光片，光源前的用以濾除可見光，目鏡和物鏡之間的用于濾除紫外線，用以保護人目。
　　熒光顯微鏡也是光學顯微鏡的一種，主要的區(qū)別是二者的激發(fā)波長不同。由此決定了熒光顯微鏡與普通光學顯微鏡結(jié)構(gòu)和使用方法上的不同。
　　熒光顯微鏡是免疫熒光細胞化學的基本工具。它是由光源、濾板系統(tǒng)和光學系統(tǒng)等主要部件組成。是利用一定波長的光激發(fā)標本發(fā)射熒光，通過物鏡和目鏡系統(tǒng)放大以觀察標本的熒光圖像。其被廣泛的運用在生物學、醫(yī)藥研究領域。